This site uses cookies. Some of these cookies are essential to the operation of the site, while others help to improve your experience by providing insights into how the site is being used. For more information, please see the ProZ.com privacy policy.
Cookie settings
maintain biological variability
base load
Jan 27, 2019 21:22
5 yrs ago
4 viewers *
English term

Normalized spectral abundance factor

English to Russian Science Chemistry; Chem Sci/Eng Data analysis, Mass spectrometry
Normalized spectral abundance factors (NSAFs) provides an improved measure for relative abundance, by factoring the length of the protein into subsequent calculations. A NSAF value for a given protein is calculated by dividing the spectral counts (SpC) for a protein by its length (L). This value is then normalized by dividing by the sum of all SpC/L for all proteins identified in a complex mixture. NSAF values provide a measure of relative abundance and the ability to compare the abundance of proteins within a sample The dynamic range for NSAF values is approximately 3.6–3.8 orders of magnitude, allowing the measurement of abun- dance of a wide range of proteins present in a data set. When NSAF values are log-transformed they follow a normal distribu- tion, facilitating analysis of statistically significant changes in expression.

Нормализованный коэффициент/показатель [количественной] представленности в спектре?
Proposed translations (Russian)
4 нормализованный показатель интенсивности белкового пика в МС спектре
3 Нормализованный коэффициент относительного содержания в спектре

Discussion

Marlin31 Feb 4, 2019:
Наталья, я в курсе, что это "неправильные" спектры - про NSAF читал более развернутое описание этого метода. Но нормирование применяется не только к спектрам, а в любых ситуациях, где требуется проводить количественное сравнение данных, т.е. это приведение к некому базису, в котором можно измерять некоторое свойство объектов. Нормализация - приведение к нормальному виду, посмотрите что такое нормализация чисел или данных в машинном счете.
Natalie Feb 4, 2019:
Александр, но нормирование спектров к данному конкретному вопросу не имеет отношения.
Marlin31 Feb 4, 2019:
Наталья, если Вы используете маску поиска "нормированный спектр" (с кавычками), то никакой "нормированный рабочий день" в поиск включен не будет, но десятикратная разница в результатах поиска сохранится.
Igor Andreev (asker) Feb 4, 2019:
Спасибо за обсуждение.
В математике термин определен достаточно четко, насколько я понимаю. В биологии/химии постольку-поскольку.
Возможно сыграло не последнюю роль и заимствование normalization из английского.
О распространенности: уже несколько раз сталкивался с тем, что в разных "научных школах" могут употребляться разные названия для одних и тех же понятий и разные определения для одних и тех же терминов.
Самая любимая тема обсуждения - популяция у генетиков и медиков )
Natalie Feb 4, 2019:
Термин \"нормированный\" более распространен (примерно на порядок) за счет большого числа областей применения, не имеющих никакого отношения к нашей тематике (например, нормированный рабочий день итд итп), как производное от глагола нормировать — устанавливать законные пределы чего-л., вводить в норму.
Marlin31 Feb 4, 2019:
Игорь, термины "нормирование" и "нормализация" различны даже на интуитивном уровне. Нормализация - приведение ч-л в состояние нормы. Нормирование - введение правила (базиса, метрики) позволяющего количественное сравнение объектов. Пример с алгеброй именно об этом - введение нормы вектора - правило, сопоставляющее каждому вектору некое число, что задает метрику данного векторного пространства, т.е. возможность определять и, соответственно, сравнивать длины векторов. Предполагаю, что понятие нормирования разных объектов (спектров, сигналов и т.д.) произошло именно из понятий алгебры о норме вектора и метрических пространствах. Почему химики в данном справочнике использовали термин "нормализация" по отношению к спектрам - возможно потому что химики, а не спектроскописты. Не припомню, чтобы кто-то из знакомых (не только спектроскопистов) говорил "нормализованный". Уже писал, что оба термина встречаются в литературе, но термин "нормированный" более распространен (примерно на порядок). Есть какие-то области, где "нормализованный" используется чаще или также часто как и "нормированный".
Igor Andreev (asker) Feb 4, 2019:
Александр, как тогда правильно называть описанную ниже процедуру, которая не имеет отношения к преобразованию векторных величин в скалярные:
При идентификации неизвестного соединения прежде всего пытаются визуально сопоставить его спектр со спектром известного соединения. При детальном измерении и нормализации спектра неизвестного соединения (заключающейся в том, что каждый пик умножается на постоянный множитель, выбранный таким образом, чтобы интенсивность одного из пиков была бы приведена к стандартной величине) можно всегда решить, совпадает ли исследуемый спектр со спектром известного соединения.
http://www.chem21.info/page/09112009210814010323806224524311...
Marlin31 Feb 2, 2019:
Понятие нормы и нормирования пришло из алгебры, причем задолго до появления спектроскопии и тем более МС. Суть нормирования - приведение векторных величин к скалярному виду (норме, модулю), чтобы их можно было сравнивать. Есть давно устоявшиеся термины "нормирование вектора (пространства)". Нормирование (безотносительно конкретной величины) - суть приведение разношерстных объектов к одному базису, позволяющему их сравнение.
Natalie Feb 1, 2019:
Смысл заключается в следующем: большие белки вносят больший вклад в количество пептидов/спектров, чем более мелкие, и это нужно как-то учесть. Вот и придумали normalized spectral abundance factor (NSAF), чтобы принять во внимание влияние длины белка на spectral count.

А здесь вообще только пол-первого :-)
Igor Andreev (asker) Feb 1, 2019:
Доброй ночи, у нас только пол-второго
Marlin31 Feb 1, 2019:
Во-первых, речь идет о смеси белков. Во-вторых, каков смысл нормирования числа всех фрагментов на длину белка? В-третьих, у нас почти 3 часа утра, я спать пошел.
Igor Andreev (asker) Feb 1, 2019:
цитирую повторно контекст из вопроса:
This value is then normalized by dividing by the sum of all SpC/L for all proteins identified in a complex mixture.

Да, и речь не о площади под спектром и не об интенсивности пиков... Я тут это уже пятые сутки обсуждаю ))
С подтверждающими цитатами с обеих сторон
Natalie Feb 1, 2019:
Какого "частного" белка? Имеется в виду не какой-то там белок, а белок, который определяется. Длина белка имеет значение, т.к. на ее основании определяется число возможных фрагментов (т.е. пептидов).
Marlin31 Feb 1, 2019:
А причем тогда длина частного белка?
Natalie Feb 1, 2019:
Э-э, нет уж! Вот как раз spectral counts - это вовсе НЕ спектральная интенсивность! Спектральная интенсивность - это abundance. А spectral counts - это число идентифицированных по базам данных пептидных спектров.
Marlin31 Feb 1, 2019:
Кхм, ну, зачем огород городить? Русским по-белому написано:"A NSAF value for a given protein is calculated by dividing the spectral counts (SpC) for a protein by its length (L)". Spectral counts - спектральная интенсивность, к-ая нормируется на длину данного пептида. Т.е. в данном случае площадь под спектром приводится не к 1 , а к нек-му числу. И длина пептида называется, соответственно, нормирующий множитель (показатель), но не "нормализующий множитель". "Нормализация" есть в машинном счете, но это несколько из "иной оперы". Можно также погуглить "нормированный спектр" и увидеть, что таких результатов на порядок больше, чем для "нормализованный спектр". Я не настаиваю, вопрос не столь уж и принципиален.
Кстати, мне тоже не 20 лет, а жаль.
Igor Andreev (asker) Feb 1, 2019:
Предполагаю, что здесь выполнялась нормализация данных, а не нормирование спектра: абсолютные данные для конкретного белка нормализовали относительно данных для всех белков, выражая в виде доли от 1.
Можно меня поправлять, если я что-то не так сформулировал )

Нормализация. Нормализация позволяет преобразовать диапазон изменения значений числового признака в другой диапазон, более удобный для применения к данным тех или иных аналитических алгоритмов, а также согласовать диапазоны изменений различных признаков. Часто используется приведение к единице, когда весь имеющийся диапазон данных «сжимается» в интервал [0; 1] или [1; 1]. Особенно важно произвести правильную нормализацию данных в алгоритмах Data Mining, которые основаны на измерении расстояния между векторами объектов в многомерном пространстве признаков (например, в кластеризации).
Natalie Feb 1, 2019:
По всей видимости, это очередное веяние современности. В "мое время" такую обработку данных называли нормализацией. Если теперь это применяют к молоку - что ж, значит времена переменились.
Marlin31 Feb 1, 2019:
нормализуют молоко, спектры нормируют
Igor Andreev (asker) Jan 28, 2019:
Спасибо, Александр!
Marlin31 Jan 28, 2019:
Вот было обсуждение похожего вопроса
https://www.proz.com/kudoz/english-to-russian/medical-genera...
т.е. нормированный (спектры нормируют) показатель спектральной интенсивности (белка) или что-то в этом роде.

Proposed translations

19 hrs
Selected

нормализованный показатель интенсивности белкового пика в МС спектре

Интенсивность масс-спектрометрического сигнала линейно (в определенных условиях) зависит от концентрации белка. А нормализация по длине молекулы позволяет учесть чистоту белка (поскольку позволяет принять во внимание теоретически возможное число пептидов, получаемых при переваривании).

См., например:
http://pbmc.ibmc.msk.ru/pdf/PBMC-2009-55-2-125-ru
http://www.tsitologiya.cytspb.rssi.ru/60_7/petrenko.pdf

--------------------------------------------------
Note added at 22 hrs (2019-01-28 19:42:01 GMT)
--------------------------------------------------

Вот здесь много и подробно (и с картинками) написано об этом:
http://www.chem.msu.ru/rus/theses/2015/2015-10-20-berizovska...

Даже если используются многочисленные спектры пептидов, то они распределяются по интенсивностям (поэтому и сказано "суррогатная мера").

--------------------------------------------------
Note added at 22 hrs (2019-01-28 20:22:13 GMT)
--------------------------------------------------

Но ведь содержание в пробе на основании масс-спектров как раз и определяется на основании пиков :-)

--------------------------------------------------
Note added at 1 day 1 hr (2019-01-28 23:21:24 GMT)
--------------------------------------------------

Игорь, там в тексте чуть выше Рис. 1 написано: "relative amplitude of the peaks measures the relative abundance of the isotopic forms"; относительная амплитуда пиков - это разве не интенсивность сигналов?

--------------------------------------------------
Note added at 1 day 2 hrs (2019-01-28 23:35:29 GMT)
--------------------------------------------------

Вот есть еще диссер - https://disser.spbu.ru/files/2016/dissertation_safonova.pdf - на русском и на английском. Spectral counts = спектральная кратность, описывающая общую представленность пептидов.

--------------------------------------------------
Note added at 3 days 26 mins (2019-01-30 21:48:51 GMT)
--------------------------------------------------

Игорь, смогу еще заняться этим вопросом не раньше завтрашнего вечера

--------------------------------------------------
Note added at 4 days (2019-01-31 22:51:06 GMT)
--------------------------------------------------

Йо-хо-хо (пока что без бутылки рому)!
Вот нашлось такое: https://tinyurl.com/y9gzrdht
Список принятых и предлагаемых сокращений,
русских и английских терминов, относящихся
к масс-спектрометрии
Конкретно именно этого нашего фактора там нет, зато насчет abundance читаем:
Relative Intensity or Relative Abundance = Относительная интенсивность

Так что как ни крути, а от интенсивности не уйти. Вот уже почти стихи.


--------------------------------------------------
Note added at 4 days (2019-01-31 23:31:04 GMT)
--------------------------------------------------

Вот сижу, читаю, пытаюсь разобраться... Хороший способ заснуть - считать спектры в массиве на ночь глядя ;-)

--------------------------------------------------
Note added at 4 days (2019-02-01 00:31:14 GMT)
--------------------------------------------------

Игорь, кажется, до меня дошло, в чем фокус, и завтра на свежую голову я постараюсь объяснить

--------------------------------------------------
Note added at 4 days (2019-02-01 10:27:36 GMT)
--------------------------------------------------

Игорь, кажется, до меня дошло, в чем фокус, и завтра на свежую голову я постараюсь объяснить

--------------------------------------------------
Note added at 5 days (2019-02-01 22:25:33 GMT)
--------------------------------------------------

Игорь, вобщем ситуация следующая.
После получения тандемного масс-спектра (т.е. спектра фрагментов полипептидной цепи) производится идентификация полученных спектров.
Идентификацию проводят двумя способами:
1) по базам данных (БД) всех белковых последовательностей исследуемого организма. Белки из БД виртуально расщепляют до пептидов а затем сопоставляют спектры фрагментации с пептидами и идентифицируют пептиды с наибольшей корреляцией
или
2) по спектральным библиотекам реальных спектров, которые предварительно были проанализированы и интерпретированы

После идентификации пептидных спектров рассчитывают относительное содержание белка методом spectral counting, т. е. по общему числу спектров отдельных пептидов белка, идентифицированных по БД. Полученные значения зависят от интенсивности спектров ионов-прекурсоров данного белка - вот как раз тут и кроется искомая взаимосвязь между "числом спектров" (под которым понимается число идентифицированных спектров пептидов) и интенсивностью сигнала в исходном спектре.

(См.: The second approach is MS2 (product/fragment-based) measurement. Prominent among this type of method, in Data-Dependent-Analysis (DDA) experiments, is quantitating a protein by summing the number of identified MS2 spectra derived from and matched against its peptides. This approach is known as spectral counting. The value obtained will depend on the intensity of the protein’s precursor peptide ions, as in DDA analyses more abundant features will be sampled more often than lower abundance ones. http://blog.nonlinear.com/2015/05/11/spectral-counting-not/ )

Еще см. вот здесь https://www.hindawi.com/journals/bmri/2010/840518/ раздел 2.2. Relative Quantification by Spectral Count (хотя там вообще вся статья полезна для общего понимания)

--------------------------------------------------
Note added at 5 days (2019-02-01 23:30:26 GMT)
--------------------------------------------------

Нет, это никак не "спектральный показатель", нельзя так написать. По смыслу это "нормализованный показатель относительного содержания белка, по данным подсчета идентифицированных пептидных спектров".

--------------------------------------------------
Note added at 5 days (2019-02-02 00:01:56 GMT)
--------------------------------------------------

Не за что - мне самой было интересно разобраться :-)
Note from asker:
Спасибо, Натали! Наконец все начинает складываться с Вашей помощью. Только остается вопрос: белок обычно фрагментируют (или не в этом случае?) и он представлен несколькими пиками, т.е. содержание белка нужно определять по сумме пиков в спектре. Опять же похоже, что речь не совсем об оценке интенсивности пиков, а об альтернативном подходе: A <b>viable label-free quantitative strategy is spectral counting</b> where the number of spectra matched to peptides from a protein is used as a surrogate measure of protein abundance. Although conceptually simple, recent studies have demonstrated that spectral counting can be as sensitive as ion peak intensities in terms of detection range while retaining linearity. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2596341/
У меня речь идет о количественном определении параллельно с идентификацией белков на основании масс-спектров, а в последней работе действительно много и доходчиво, но только о качественном анализе... Думаю, что речь все-таки о показателе [относительного] содержания в пробе, рассчитанном на основании масс-спектров
Да пиков, но не интенсивности, а как-то иначе. Фигурируют spectral counts, здесь https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806317/ на рис.1а иллюстрация, но пока не успеваю разобраться, что такое "количество спектров", соответствующих пептидам, образующимся при фрагментации белка
Натали, перевернул с десяток статей, spectral counts однозначно не интенсивность пиков, а количество зарегистрированных спектров, соответствующих тому или иному пептиду (по сути дела ионов), которое должно коррелировать (при случайной выборке ионов при тандемной спектрометрии) с их относительным содержанием в смеси. Не знаю, насколько грамотно сформулировал - не хватает знания предмета. The NSAF for a protein k is the number of spectral counts (SpC, the total number of MS/MS spectra) identifying a protein, k, divided by the protein’s length (L), divided by the sum of SpC/L for all N proteins in the experiment https://tinyurl.com/yb33mmgk Спектральная кратность - что-то странное и кажется не отсюда...
Если будет интересно, здесь https://tinyurl.com/y9xbsg5s на стр.4194 обсуждается довольно подробно соответствующая проблема анализа (последний абзац в первой колонке и первый во второй)
Спасибо, буду ждать, если у Вас получится. У меня еще хватает других головоломок на несколько дней работы с этим переводом. Пожалуй, самая сложный перевод за все время и по набору методов и по тяжелому языку
Спасибо, Натали! Простите меня за мучения, но по смыслу этот вариант, к сожалению, не подходит. Как можно свести к интенсивности пика the total number of MS/MS spectra?
Спасибо, Натали, примерно так и представлял все это, хотя может и не столь ясно. Получается нормализованный спектральный показатель содержания [белка]? Если только можно использовать "спектральный показатель", а то все встреченные мною термины подобного рода означают что-то совершенно иное?
Так и запишем, только может чуть короче: нормализованный показатель относительного содержания белка, по данным подсчета МС/МС спектров. Еще раз большое спасибо за обсуждение и помощь.
Something went wrong...
4 KudoZ points awarded for this answer.
2 hrs

Нормализованный коэффициент относительного содержания в спектре

abundance factor 1) относительное содержание 2) распространённость; abundance ratio — относительная распространённость
напр.: нормализованный относительный индекс ... NIR - отражение в ближней инфракрасной области спектра ... Использование же не простого отношения, а нормализованной .... коэффициентов http://gis-lab.info/qa/ndvi.html
статистические показатели пригодны для любой области, на всякий случай

--------------------------------------------------
Note added at 7 days (2019-02-04 12:56:34 GMT) Post-grading
--------------------------------------------------

да, конечно НОРМИРОВАННЫЙ
напр.: В работе [28] были получены относительные интенсивности колебаний .... В ходе эксперимента использовался образец C2F6 с природным содержанием ..... нормированный экспериментальный спектр (коэффициент ... https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11661/1/KataevaT.pdf
– коэффициент, зависящий от геометрии .... 4. расчет итоговых значений содержания компо- нентов стали. ... спектра, нормированные на единицу по интегральной ... (относительное отклонение, %). http://www.chem.msu.ru/rus//vmgu/071/38.pdf
определение на его основе относительного содержания хлорофиллов по сравнению ... Эти спектры подразделяются на три основных типа по расположению ... оценивали по коэффициенту, равному отношению оптической ... По вертикали – нормированная оптическая плотность (D) в ... https://botsad.ru/media/cms/2371/48-52.pdf
Зарегистрированы спектры поглощения экстрактов из листьев 45 видов растений 21 ... Относительное содержание хлорофилла и других пигментов оценивали по ... коэффициенту К = D(664)/D(Amax), где /Ж>64) - нормированная ...
https://cyberleninka.ru/article/n/raznovidnosti-absorbtsionn...
Спектры вычисляются по всему речевому потоку на каждой группе из 64 ... нормированный средний спектр; относительное время пребывания ... нормированные вариации огибающих спектра речи; коэффициенты ... https://books.google.com.ua/books?id=wBZqDwAAQBAJ&pg=PT186&l...
Note from asker:
Спасибо, Владислав!
Спасибо, но можно не меньше цитат в том же контексте привести с нормализованным. В отношении звука мне нормализации гораздо привычнее, но опять же, вероятно из-за того, что больше сталкивался с англоязычными источниками и программами обработки сигнала.
Something went wrong...
Close search
Term search
  • All of ProZ.com
  • Term search
  • Jobs
  • Forums
  • Multiple search